Menschen aus verschiedenen Regionen der Welt unterscheiden sich stark voneinander, sowohl in verschiedensten äußerlichen Merkmalen als auch in genetischer Hinsicht. Diese Merkmale haben sich in den letzten 200.000 Jahren Menscheitsgeschichte herausgebildet. Die Unterschiede zwischen verschiedenen Bevölkerungsgruppen sind um so größer, um so weiter sie sich historisch voneinander entfernt haben. Benachbarte Bevölkerungsgruppen haben dagegen zahlreiche Überschneidungen. Diese Tatsache bildet die Grundlage der Herkunftsanalyse.

Auch bis in kleine Bevölkerungsregionen unterscheiden sich die Gruppen in bestimmten genetischen Merkmalen und diese sind dann für die jeweilige Bevölkerungsgruppe charakteristisch. Es kann sich dabei um sichtbare merkmale wie Haar- oder, Augenfarbe handeln oder auch um Mutationen in der DNA.

Im Rahmen einer Herkunftsanalyse wird die atDNA der Testpersonen auf bevölkerungstypische oder regionale Merkmale untersucht. Danach wird das Ergebnis mit einer großen Anzahl von weiteren DNA-Testergebnissen verglichen. Dabei wählt man bestimmte Vergleichskriterien. Man vergleicht entweder mit Testergebnissen aus der Neuzeit, die man regional genau zuordnen kann, oder man nutzt Ergebnisse aus Analysen historischer DNA.